Aki-Sora Bercerita tentang Aki Aoi dan Sora Aoi, sepasang saudara dekat yang telah berbagi ikatan intim sejak kecil. Selama kedatangan mereka usia, mereka masing-masing menyadari kedalaman sebenarnya dari cinta yang mereka rasakan satu sama lain dan mewujudkan kasih itu secara rahasia. Mereka menjaga adik-adik mereka, Nami, kembar Sora dalam kegelapan tentang hubungan baru mereka. Nami, mengerti apa yang terjadi dalam rumah tangganya bertujuan untuk mengatur kakaknya dengan sahabatnya, Kana Sumiya. Meskipun hubungan ini Nami tampaknya memiliki perasaan untuk seseorang yang dekat dengannya juga, tapi menyimpan rahasia mereka.