Tokoh utama bernama Akihisa Yoshii, yang “baka” dari judul. Sekolahnya membagikan fasilitas-fasilitas berdasarkan kepintaran para siswa. Para orang pintar berada di kelas A dengan kursi reclining yang lengkap dengan AC, tetapi Akihisa berada di kelas F, kelas terendah dari sekolahnya yang dilengkapi dengan fasilitas rendah, meja bobrok dan tikar jerami usang tatami. Seorang gadis bernama Mizuki Himeji sebenarnya salah satu gadis paling cerdas di tahun kedua Akihisa, tapi dia mengalami demam pada hari tes dan mental ke kelas F. Selain Mizuki (yang Akihisa diam-diam memuja), kelas F juga memiliki Yuuji Sakamoto, presiden kelas F yang termasuk salah satu sahabatnya Akihisa.